Hiện tại, cơ quan hải quan thực hiện việc quản lý chuyên ngành dựa trên mã HS ban hành kèm theo Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu Việt Nam. Tuy nhiên, với mã số HS hiện tại việc quản lý chuyên ngành gặp một số bất cập sau:
- Văn bản quy phạm pháp luật quy định về chính sách quản lý và kiểm tra chuyên ngành nhiều, phạm vi quản lý và kiểm tra rộng, nhiều văn bản chưa ban hành Danh mục hàng hóa XNK có mã số HS đi kèm, nhiều mặt hàng chưa có mã số HS trong Danh mục hoặc chưa được chuẩn hóa theo mã số HS hiện hành, chưa có đầy đủ tiêu chuẩn, quy chuẩn để thực hiện việc kiểm tra.
- Xuất hiện nhiều mặt hàng mới, có tính chất phức tạp. Ví dụ hàng hóa nhập khẩu có cùng một mã số HS tuy nhiên mang tính lưỡng dụng, khi khai báo vào mục đích sử dụng khác nhau có thể áp dụng chính sách quản lý mặt hàng theo quy định của các cơ quan quản lý chuyên ngành khác nhau. Từ đó dẫn tới yêu cầu kiểm tra hồ sơ hải quan/ kiểm tra thực tế đối với những mặt hàng này thực hiện theo tiêu chí khác nhau. (Ví dụ: mặt hàng Phenytoin, công dụng nguyên liệu làm thuốc cho người, mã HS: 29332100. Mặt hàng này có mã HS vừa thuộc danh mục phải khai báo hóa chất theo Thông tư số 40/2011/TT-BCT vừa thuộc danh mục nguyên liệu làm thuốc theo quản lý tại Thông tư số 38/2013/TT-BYT. Như vậy, một mặt hàng cùng một mã HS, mục đích sử dụng khác nhau thì chịu sự điều chỉnh khác nhau của chính sách quản lý mặt hàng tương ứng).
- Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu khi thực hiện thủ tục hải quan, đối với mặt hàng cũ hay mới đều khai theo một mã HS tương ứng của mặt hàng. Việc xác định là hàng cũ hay mới chỉ thể hiện trên mô tả chi tiết theo khai báo của chủ hàng. Thông qua mã số HS theo quy định hiện tại khi kiểm tra trên hệ thống khai báo điện tử chưa phát hiện được mặt hàng đó là cũ hay mới. Vì có những trường hợp, cùng mã HS nhưng là hàng mới thì được phép nhập khẩu hoặc nhập khẩu có điều kiện theo quản lý của cơ quan chuyên ngành. Tuy nhiên với cùng mặt hàng và mã HS đó nhưng là hàng cũ/đã qua sử dụng thì bị cấm nhập khẩu theo quy định pháp luật.
- Hàng hóa XNK là sản phẩm dịch vụ phần mềm qua mạng, trong đó vật chứa đựng thông tin như đĩa cd, usb…là hàng hóa hữu hình có tên gọi, mã số định danh, phần mềm thông tin chứa đựng trong vật chứa tin là hàng hóa vô hình chưa được định danh và mã HS.
- Và một số trường hợp khác liên quan đến việc xác định loại hình xuất khẩu, nhập khẩu của mặt hàng; trị giá của các dòng hàng theo từng mã HS cụ thể; tính lưỡng tính của những mặt hàng căn cứ theo hàm lượng chất chứa đựng trong mặt hàng để xác định chính sách quản lý tương ứng (ví dụ: hàng hóa là vật tư, nguyên liệu, bán thành phẩm có giá trị tài nguyên khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên…).
Mặt khác, hiện nay hệ thống thông quan điện tử tự động VNACCS/VCIS đã hỗ trợ một phần tra cứu chính sách mặt hàng khi nhập mã số HS vào hệ thống, tuy nhiên chức năng này chưa được chuẩn hóa và xây dựng hoàn chỉnh, đồng bộ dẫn tới việc tra cứu thông tin mặt hàng có thể chưa đầy đủ và cập nhật theo thời kỳ, tiềm ẩn nhiều rủi ro đối với những mặt hàng chưa được công bố trong Danh mục quản lý theo mã HS hoặc mặt hàng có mã HS nhưng chưa được tổng hợp chính sách quản lý tương ứng đầy đủ và chính xác.
Các văn bản quy phạm pháp luật ban hành quy định phạm vi, đối tượng và mặt hàng cần phải quản lý và kiểm tra rất rộng, rất nhiều, nhiều mặt hàng không có mã số HS kèm theo, chưa có tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật để kiểm tra.v.v. dẫn tới việc cập nhật những mã văn bản tương ứng chính sách quản lý mặt hàng theo HS chưa được đầy đủ và thống nhất.
Do vậy, rất cần thiết phải chi tiết hóa hơn nữa mã HS để công tác quản lý chuyên ngành được cụ thể hơn đặc biệt là có thể quản lý tự động hóa trên Hệ thống mà cơ quan hải quan không phải thực hiện kiểm tra thủ công (kiểm tra hồ sơ hoặc kiểm tra thực tế từng lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu) để xác định chính xác chính sách mặt hàng tương ứng cần quản lý.