Điểm mới của Thông tư số 86/2026/TT-BTC về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu
TÀI LIỆU GIỚI THIỆU VỀ THÔNG TƯ SỐ 86/2026/TT-BTC NGÀY 30/6/2026 CỦA BỘ TRƯỞNG BỘ TÀI CHÍNH QUY ĐỊNH VỀ QUẢN LÝ THUẾ ĐỐI VỚI HÀNG HÓA XUẤT K...
TÀI LIỆU
GIỚI THIỆU VỀ THÔNG TƯ SỐ 86/2026/TT-BTC NGÀY 30/6/2026 CỦA BỘ TRƯỞNG BỘ TÀI CHÍNH QUY ĐỊNH VỀ QUẢN LÝ THUẾ ĐỐI VỚI HÀNG HÓA XUẤT KHẨU, NHẬP KHẨU
{getToc} $title={Xem nhanh}
I. BỐ CỤC
Thông tư số 86/2026/TT-BTC ngày 30/6/2026 của Bộ trưởng Bộ Tài chính có hiệu lực áp dụng từ ngày 01/7/2026, bao gồm 03 Chương, 45 Điều được kết cấu như sau:
Chương I. Quy định chung: Gồm 02 Điều (từ Điều 1 đến Điều 2).
Chương II. Quy định cụ thể về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu: Gồm 40 Điều (từ Điều 3 đến Điều 42).
Chương III. Điều khoản thi hành: Gồm 03 Điều (từ Điều 43 đến Điều 45).
Phụ lục biểu mẫu ban hành kèm theo (02 Phụ lục):
Phụ lục I: Biểu mẫu về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, bao gồm 76 biểu mẫu;
Phụ lục II: Chỉ tiêu thông tin về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, bao gồm 25 biểu mẫu và 73 chứng từ, tương đương khoảng 1.000 chỉ tiêu.
II. MỘT SỐ NỘI DUNG CƠ BẢN
1. Nhóm tạo thuận lợi cho hoạt động quản lý thuế (gắn với chuyển đổi số, phát triển kinh tế tư nhân, cắt giảm thủ tục hành chính, phân cấp, phân quyền)
1.1. Quy định về hình thức nộp hồ sơ khai thuế; trách nhiệm của cơ quan hải quan và người nộp thuế trong việc nộp hồ sơ khai thuế (Điều 3)
Điều 3 Thông tư quy định: Người nộp thuế khai đầy đủ, chính xác các thông tin trên tờ khai hải quan và các chứng từ, tài liệu có liên quan thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan làm căn cứ để xác định nghĩa vụ thuế với ngân sách nhà nước, theo các chỉ tiêu thông tin được quy định tại Phụ lục II ban hành kèm theo Thông tư số 86/2026/TT-BTC (gồm 25 mẫu biểu và 73 chứng từ đã được số hóa, tương đương khoảng 1.000 chỉ tiêu thông tin).
Trường hợp chưa khai báo được chỉ tiêu thông tin theo quy định trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, người nộp thuế nộp bản chụp có xác nhận bằng chữ ký số của các chứng từ, tài liệu thuộc hồ sơ khai thuế cho cơ quan hải quan thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
Khi kiểm tra hồ sơ, cơ quan hải quan căn cứ vào các thông tin trên tờ khai hải quan và các chứng từ, tài liệu có liên quan để xác định nghĩa vụ thuế của người nộp thuế với ngân sách nhà nước. Cơ quan hải quan sử dụng thông tin, chứng từ, tài liệu được gửi thông qua: Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, Cổng thông tin một cửa quốc gia, Cổng Dịch vụ công trực tuyến, Cổng thông tin một cửa ASEAN, Cổng thông tin trao đổi với các nước khác theo quy định của điều ước quốc tế, hoặc hệ thống thông tin giải quyết thủ tục hành chính, cơ sở dữ liệu quốc gia, cơ sở dữ liệu chuyên ngành được chia sẻ, kết nối với cơ quan hải quan để kiểm tra, đối chiếu và lưu trữ.
Trường hợp các chứng từ đã có trên Cổng thông tin một cửa quốc gia, Cổng Dịch vụ công quốc gia hoặc hệ thống thông tin giải quyết thủ tục hành chính, cơ sở dữ liệu quốc gia, cơ sở dữ liệu chuyên ngành được chia sẻ, kết nối với cơ quan hải quan thì người nộp thuế không phải nộp cho cơ quan hải quan; người nộp thuế chỉ cần cung cấp thông tin liên quan đến chứng từ để cơ quan hải quan tự khai thác.
Cụ thể:
- Bổ sung quy định tại khoản 4 Điều 3: Quy định rõ hình thức nộp hồ sơ khai thuế bao gồm nộp hồ sơ qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan hải quan và nộp hồ sơ giấy theo quy định của pháp luật về hải quan nhằm đảm bảo tính minh bạch, rõ ràng.
- Bổ sung quy định tại khoản 5 Điều 3: Quy định trách nhiệm của người nộp thuế trong việc kê khai hồ sơ thuế theo nguyên tắc quản lý thuế tại Điều 6 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và quyền của người khai hải quan tại khoản 2 Điều 18 Luật Hải quan; trách nhiệm của người nộp thuế trong việc khai hồ sơ thuế qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan hải quan; việc lưu trữ hồ sơ thuế.
- Bổ sung quy định tại khoản 6 Điều 3: Quy định trách nhiệm của cơ quan hải quan trong việc tiếp nhận, xử lý hồ sơ thuế qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử và khai thác các chứng từ, tài liệu đã có trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử.
1.2. Cắt giảm thời hạn xử lý hồ sơ gia hạn nộp thuế (Điều 6)
Điểm b khoản 3 Điều 6 Thông tư quy định thời hạn xử lý hồ sơ gia hạn nộp thuế là 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ. Như vậy, thời hạn này đã được cắt giảm 05 ngày so với quy định trước đây tại điểm a khoản 2 Điều 65 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14.
1.3. Cắt giảm bước trong trình tự, thủ tục ấn định thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu (Điều 33)
Bỏ quy định về việc gửi "thông báo bằng văn bản cho người khai thuế hoặc người được người khai thuế ủy quyền, người bảo lãnh, người nộp thuế thay cho người khai thuế về căn cứ pháp lý ấn định thuế, phương pháp tính thuế, số tiền thuế ấn định chi tiết theo từng loại thuế, thời hạn nộp tiền thuế ấn định, thời hạn tính tiền chậm nộp, tiền phạt" trước khi ban hành quyết định ấn định thuế.
1.4. Cắt giảm hồ sơ miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu đối với hàng hóa phục vụ đảm bảo an sinh xã hội, khắc phục hậu quả thiên tai, thảm họa, dịch bệnh và các trường hợp đặc biệt khác (Điều 24)
- Đối với hồ sơ miễn thuế trước khi làm thủ tục hải quan cho hàng hóa nhập khẩu để khắc phục hậu quả thiên tai, thảm họa, dịch bệnh và hàng hóa nhập khẩu trực tiếp phục vụ yêu cầu cứu trợ khẩn cấp, Thông tư đã bỏ quy định nộp Quyết định công bố dịch bệnh của cấp có thẩm quyền theo quy định của Luật Phòng, chống bệnh truyền nhiễm nhằm cắt giảm thủ tục hành chính và giấy tờ.
- Đối với Quyết định công bố dịch bệnh, cơ quan hải quan chủ động khai thác trên Cổng thông tin một cửa quốc gia hoặc các phương tiện thông tin truyền thông. Người nộp thuế chỉ cần cung cấp thông tin về số quyết định, ngày, tháng, năm ban hành trên công văn đề nghị miễn thuế để cơ quan hải quan khai thác, tra cứu.
1.5. Cắt giảm hồ sơ miễn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu miễn thuế là phương tiện vận tải chuyên dùng (điểm h khoản 2 Điều 28)
- Bỏ quy định người nộp thuế phải nộp Văn bản xác nhận của Bộ Khoa học và Công nghệ đối với phương tiện vận tải chuyên dùng miễn thuế nhằm cắt giảm thủ tục hành chính, giấy tờ.
- Bổ sung trách nhiệm của người nộp thuế tại điểm h khoản 2 Điều 28: Người nộp thuế tự kê khai và chịu trách nhiệm trước pháp luật đối với hàng hóa nhập khẩu miễn thuế là phương tiện vận tải chuyên dùng quy định tại điểm b khoản 11, điểm a khoản 15 và điểm a khoản 16 Điều 16 Luật số 107/2016/QH13.
1.6. Cắt giảm thủ tục thông báo việc kết thúc nhập khẩu lô hàng cuối cùng của mỗi tổ hợp, dây chuyền (điểm c khoản 7 Điều 28)
Đối với thủ tục miễn thuế cho hàng hóa nhập khẩu theo tổ hợp, dây chuyền (phải nhập khẩu thành nhiều chuyến để lắp ráp thành tổ hợp, dây chuyền hoàn chỉnh và không thể trừ lùi theo số lượng hàng hóa tại thời điểm nhập khẩu), Thông tư đã bãi bỏ quy định: "Trong thời hạn 15 ngày kể từ ngày kết thúc việc nhập khẩu lô hàng cuối cùng của mỗi tổ hợp, dây chuyền, chủ dự án có trách nhiệm thông báo cho cơ quan hải quan" để cải cách, cắt giảm thủ tục hành chính.
Điểm a khoản 3 Điều 29 Thông tư đã quy định lại: Chủ dự án có trách nhiệm thông báo với cơ quan hải quan nơi tiếp nhận Danh mục miễn thuế về việc hoàn thiện lắp đặt tổ hợp, dây chuyền.
2. Nhóm nội dung sửa đổi, bổ sung nhằm tăng cường yêu cầu quản lý
2.1. Sửa đổi, bổ sung quy định về thời hạn nộp thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu phát sinh số tiền thuế phải nộp sau khi thông quan hoặc giải phóng hàng (Điều 4)
a.1) Quy định rõ trách nhiệm của người nộp thuế trong việc thực hiện khai bổ sung và nộp thuế đối với trường hợp có thay đổi về mã số, thuế suất sau khi có kết quả phân tích, phân loại, giám định; hoặc thay đổi về trị giá hải quan, phát sinh khoản phí bản quyền, phí giấy phép và các khoản tiền do người nộp thuế phải trả khi có giá chính thức, hoặc các khoản điều chỉnh cộng vào trị giá hải quan (Thông tư số 06/2021/TT-BTC trước đây chưa quy định rõ nội dung này).
a.2) Thời hạn nộp thuế đối với hàng hóa phải phân tích, phân loại hoặc giám định theo quy định của pháp luật về hải quan để xác định chính xác số tiền thuế phải nộp (khoản 2 Điều 4): Là 05 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan hải quan yêu cầu người nộp thuế khai bổ sung qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan (Thông tư số 06/2021/TT-BTC trước đây quy định là 05 ngày làm việc kể từ ngày người nộp thuế nhận được yêu cầu khai bổ sung của cơ quan hải quan).
a.3) Bãi bỏ cụm từ "các khoản thực thanh toán" để đảm bảo phù hợp với pháp luật về trị giá hải quan tại Nghị định số 167/2025/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung khoản 1 Điều 20 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP), Thông tư số 39/2015/TT-BTC và Thông tư số 60/2019/TT-BTC do các văn bản này không quy định khái niệm trên. Ngoài ra, việc duy trì quy định như cũ dẫn đến nhiều cách hiểu khác nhau trên thực tế.
a.4) Sửa cụm từ "hàng hóa có các khoản điều chỉnh cộng vào trị giá hải quan chưa xác định được tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan" thành "hàng hóa có khoản phí bản quyền, phí giấy phép và các khoản tiền do người nhập khẩu phải trả từ số tiền thu được sau khi bán lại, định đoạt, sử dụng hàng nhập khẩu là các khoản điều chỉnh cộng vào trị giá hải quan chưa xác định được tại thời điểm đăng ký tờ khai theo quy định về trị giá hải quan" trên cơ sở kế thừa quy định tại Điều 13, Điều 14 Thông tư số 39/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 60/2019/TT-BTC). Khoản 4 Điều 4 đã làm rõ 03 đối tượng đặc thù nêu trên được áp dụng khai bổ sung sau thông quan với thời hạn nộp thuế là 05 ngày làm việc kể từ thời điểm người nhập khẩu xác định được các khoản này.
b) Bổ sung quy định về thời hạn nộp thuế đối với các trường hợp cơ quan hải quan ấn định thuế (khoản 5 Điều 4) trên cơ sở kế thừa khoản 6 Điều 17 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP:
b.1) Tại điểm a khoản 5 Điều 4: Thời hạn nộp số tiền thuế ấn định được áp dụng theo thời hạn nộp thuế của tờ khai hải quan ban đầu. Các điểm b.1, b.2, b.3 khoản 5 Điều 4 kế thừa quy định tại khoản 6 Điều 17 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP: Thời hạn nộp số tiền thuế ấn định là ngày ban hành quyết định ấn định thuế.
b.2) Bổ sung quy định thời hạn nộp số tiền thuế ấn định đối với các trường hợp tại điểm d.1, d.2, d.3 khoản 5 Điều 4:
(i) Hàng hóa phải phân tích, phân loại hoặc giám định để xác định chính xác số tiền thuế phải nộp, nhưng người nộp thuế không khai bổ sung, không nộp số tiền thuế tăng thêm trong thời hạn quy định thì thời hạn nộp tiền thuế ấn định là kể từ ngày cơ quan hải quan yêu cầu người nộp thuế khai bổ sung trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan;
(ii) Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu có giá chính thức, nhưng người nộp thuế không khai bổ sung, không nộp số tiền thuế chênh lệch tăng thêm trong thời hạn quy định thì thời hạn nộp tiền thuế ấn định là thời điểm có giá chính thức;
(iii) Hàng hóa xác định được khoản phí bản quyền, phí giấy phép và các khoản tiền do người nhập khẩu phải trả từ số tiền thu được sau khi bán lại, định đoạt, sử dụng hàng nhập khẩu là các khoản điều chỉnh cộng vào trị giá hải quan, nhưng người nộp thuế không khai bổ sung, không nộp số tiền thuế chênh lệch tăng thêm trong thời hạn quy định thì thời hạn nộp thuế ấn định là ngày người nộp thuế xác định được các khoản này thể hiện trên các chứng từ thanh toán và tài liệu liên quan.
2.2. Ngày nộp thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt (Điều 5)
Trên cơ sở quy định tại khoản 5 Điều 14 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và kế thừa quy định tại Điều 4 Thông tư số 184/2015/TT-BTC ngày 17/11/2015 của Bộ Tài chính, đây là quy định mới được bổ sung nhằm minh bạch hóa việc xác định đúng ngày nộp thuế, tránh phát sinh hoặc tính sai tiền chậm nộp, cụ thể:
- Khoản 1 Điều 5 (Đối với phương thức nộp điện tử): Là ngày thực hiện giao dịch trích tiền từ tài khoản của người nộp thuế (hoặc người nộp thay) tại tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán/trung gian thanh toán và được tổ chức đó xác nhận giao dịch nộp tiền thành công.
- Khoản 2 Điều 5 (Đối với hình thức nộp trực tiếp): Là ngày tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán/trung gian thanh toán, cơ quan hải quan, hoặc tổ chức được cơ quan hải quan ủy nhiệm thu cấp chứng từ nộp tiền.
2.3. Xử lý tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa (Điều 7)
a) Khoản 1 Điều 7: Quy định việc xử lý tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thực hiện theo quy định tại Điều 15 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, đồng thời làm rõ một số trường hợp được cơ quan hải quan xử lý tiền thuế nộp thừa bao gồm:
(i) Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường, thuế giá trị gia tăng, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp nhầm, nộp thừa;
(ii) Hàng hóa kinh doanh tạm nhập, tái xuất quy định tại điểm đ khoản 9 Điều 16 Luật số 107/2016/QH13 mà người nộp thuế đã nộp tiền đặt cọc cho cơ quan hải quan tương đương số tiền thuế nhập khẩu, sau khi hàng hóa tái xuất, số tiền đặt cọc này được cơ quan hải quan xử lý như tiền thuế nộp thừa;
(iii) Trường hợp số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền phải nộp được xác định theo quyết định giải quyết khiếu nại của cơ quan có thẩm quyền, quyết định ấn định thuế hoặc quyết định xử phạt của cơ quan hải quan, bản án, quyết định của Tòa án có hiệu lực pháp luật.
b) Khoản 3 Điều 7: Về hồ sơ, thủ tục xử lý tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa: Bổ sung quy định việc tiếp nhận và xử lý hồ sơ qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan hải quan. Quy định thời hạn xử lý hồ sơ là 05 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan hải quan nhận đủ hồ sơ (trước đây thời hạn này được quy định tại khoản 2 Điều 60 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14).
c) Sửa đổi quy định về thẩm quyền ban hành quyết định hoàn tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo hướng: Thủ trưởng cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa ban hành quyết định hoàn trả nhằm bao quát toàn bộ các trường hợp và tạo cơ sở pháp lý triển khai mô hình Hải quan tập trung, Hải quan số.
d) Bổ sung trình tự, thủ tục thu hồi số tiền thuế đã hoàn: Áp dụng trong trường hợp cơ quan hải quan, cơ quan nhà nước có thẩm quyền qua thanh tra, kiểm tra phát hiện (hoặc có kiến nghị), hoặc người nộp thuế tự phát hiện số tiền thuế đã được hoàn không đúng quy định và thông báo cho cơ quan hải quan, thì người nộp thuế phải nộp lại số tiền đã được hoàn thừa cùng tiền chậm nộp theo quyết định thu hồi.
Bổ sung mẫu biểu: Quyết định thu hồi số tiền thuế đã hoàn theo Mẫu số 08 tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư số 86/2026/TT-BTC.
đ) Sửa đổi, bổ sung quy định về việc xử lý tiền thuế Giá trị gia tăng (GTGT) nộp thừa (khoản 2 Điều 7):
(i) Quy định người nộp thuế có trách nhiệm kê khai, điều chỉnh số tiền thuế GTGT đã được cơ quan hải quan hoàn với cơ quan thuế trực tiếp quản lý người nộp thuế;
(ii) Quy định trách nhiệm của cơ quan hải quan trong việc gửi quyết định hoàn thuế cho cơ quan thuế quản lý người nộp thuế; trách nhiệm của cơ quan thuế khi nhận được quyết định hoàn thuế là tiến hành đối chiếu và thu hồi số thuế GTGT đã khấu trừ hoặc đã hoàn thuế (nếu có).
Ngoài ra, để đảm bảo tính chặt chẽ và quy định rõ trách nhiệm của người nộp thuế khi đề nghị cơ quan hải quan xử lý tiền thuế GTGT nộp thừa, Thông tư đã sửa đổi, bổ sung Mẫu số 04 (Công văn đề nghị hoàn tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa) theo hướng yêu cầu người nộp thuế cam kết về việc kê khai khấu trừ/điều chỉnh thuế GTGT khâu nhập khẩu (nếu có nộp thừa).
2.4. Xử lý đối với việc chậm nộp tiền thuế, khoản thu khác (Điều 9)
Bổ sung quy định về việc không tính tiền chậm nộp (khoản 3 Điều 9):
+ Dẫn chiếu các trường hợp không tính tiền chậm nộp thực hiện theo quy định tại Điều 26 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP;
+ Quy định trình tự xử lý khoản nợ phát sinh không tính tiền chậm nộp của cơ quan hải quan và việc phản hồi kết quả qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử;
+ Bổ sung quy định không tính tiền chậm nộp trong thời gian thực hiện bù trừ (nếu khoản nộp thừa phát sinh trước khoản phải nộp).
2.5. Miễn tiền chậm nộp (Điều 10)
Bổ sung Điều 10 quy định về miễn tiền chậm nộp, cụ thể như sau:
a) Khoản 1 Điều 10 quy định các trường hợp miễn tiền chậm nộp bao gồm:
- Trường hợp gặp thiên tai, thảm họa, dịch bệnh, hỏa hoạn, tai nạn bất ngờ quy định tại khoản 21 Điều 4 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 (số tiền chậm nộp được miễn là số tiền chậm nộp còn nợ tại thời điểm xảy ra thiên tai, thảm họa, dịch bệnh, hỏa hoạn, tai nạn bất ngờ và không vượt quá giá trị vật chất bị thiệt hại sau khi trừ các khoản được bồi thường, bảo hiểm theo quy định (nếu có));
- Trường hợp bất khả kháng khác theo quy định tại khoản 1 Điều 3 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP (số tiền chậm nộp được miễn là số tiền chậm nộp còn nợ tại thời điểm xảy ra tình trạng bất khả kháng khác và không vượt quá giá trị vật chất bị thiệt hại sau khi trừ các khoản được bồi thường, bảo hiểm theo quy định (nếu có)).
b) Khoản 2, khoản 3, khoản 4 Điều 10 quy định về hồ sơ, trình tự, thủ tục xử lý miễn tiền chậm nộp và thẩm quyền ban hành quyết định miễn tiền chậm nộp; trong đó thời hạn xử lý hồ sơ là 07 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận đầy đủ hồ sơ theo quy định.
2.6. Hồ sơ, trình tự, thủ tục hoàn thuế (Điều 11)
a) Hồ sơ hoàn thuế (khoản 1 Điều 11)
Kế thừa quy định về hồ sơ, thủ tục hoàn thuế từ Điều 33 đến Điều 37 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 18/2021/NĐ-CP), đồng thời quy định cụ thể hồ sơ hoàn thuế đối với các trường hợp:
+ Hàng hóa xuất khẩu đã nộp thuế xuất khẩu nhưng phải tái nhập thì được hoàn thuế xuất khẩu và không phải nộp thuế nhập khẩu;
+ Hàng hóa nhập khẩu đã nộp thuế nhập khẩu nhưng phải tái xuất thì được hoàn thuế nhập khẩu và không phải nộp thuế xuất khẩu;
+ Hoàn thuế đối với máy móc, thiết bị, dụng cụ, phương tiện vận chuyển của các tổ chức, cá nhân được phép tạm nhập, tái xuất;
+ Hoàn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu để sản xuất, kinh doanh nhưng đã xuất khẩu sản phẩm;
+ Hoàn thuế đối với trường hợp người nộp thuế đã nộp thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu nhưng không có hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu thực tế, hoặc số lượng nhập khẩu, xuất khẩu ít hơn so với hàng hóa đã nộp thuế.
b) Trình tự, thủ tục hoàn thuế (khoản 2, khoản 3, khoản 4, khoản 5, khoản 6)
b.1) Về thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế:
Dẫn chiếu thực hiện theo quy định tại khoản 3 Điều 31 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP, cụ thể:
- Đối với trường hợp thuộc diện hoàn thuế trước: Chậm nhất là 06 ngày làm việc kể từ ngày có thông báo tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế.
- Đối với trường hợp thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế: Chậm nhất là 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan hải quan ban hành kết luận kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế (Trước đây, khoản 2 Điều 75 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 quy định thời hạn giải quyết đối với trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế là chậm nhất 40 ngày, kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo bằng văn bản về việc chấp nhận hồ sơ).
b.2) Về thẩm quyền ban hành quyết định hoàn thuế:
Trường hợp kết luận kiểm tra xác định hồ sơ đủ điều kiện hoàn thuế, cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn thuế theo phân cấp:
- Thủ trưởng cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế được hoàn hoặc Thủ trưởng cơ quan hải quan nơi được giao nhiệm vụ xử lý hoàn thuế thực hiện ban hành quyết định hoàn thuế;
- Trường hợp hàng hóa nhập khẩu thuộc đối tượng hoàn thuế theo Điều 33, Điều 34, Điều 35, Điều 36 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, nếu người nộp thuế đã nộp thuế nhập khẩu, thuế xuất khẩu theo tờ khai hải quan, đồng thời đã nộp theo quyết định ấn định thuế của cơ quan hải quan thì số tiền thuế được hoàn bao gồm cả hai khoản này. Việc ban hành quyết định hoàn thuế được thực hiện như sau:
+ Thủ trưởng cơ quan hải quan nơi phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn hoặc Thủ trưởng cơ quan hải quan nơi được giao nhiệm vụ xử lý hoàn thuế ban hành quyết định hoàn thuế đối với số tiền thuế đã nộp theo tờ khai hải quan.
+ Thủ trưởng cơ quan hải quan đã ban hành quyết định ấn định thuế thực hiện ban hành quyết định hoàn thuế đối với số tiền thuế đã nộp theo Quyết định ấn định thuế đó.
b.3) Bổ sung quy định về thu hồi hoàn thuế (khoản 8 Điều 11) theo hướng dẫn chiếu thực hiện theo quy định tại khoản 6 Điều 7 Thông tư này.
2.7. Kiểm tra sau hoàn thuế (Điều 12)
Căn cứ quy định tại điểm b khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15: Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế trong trường hợp quy định tại điểm a khoản 3 Điều này, bao gồm cả trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong quản lý thuế, thời hạn kiểm tra là trong vòng 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế.
Căn cứ khoản 7 Điều 22 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 giao Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định chi tiết việc kiểm tra thuế.
Bổ sung Điều 12 quy định về thẩm quyền và trình tự thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế như sau:
a) Thẩm quyền kiểm tra sau hoàn thuế (khoản 1 Điều 12): Chi cục trưởng Chi cục Hải quan khu vực nơi phát sinh số tiền thuế đề nghị hoàn và Thủ trưởng cơ quan hải quan khác được giao nhiệm vụ xử lý hoàn thuế theo quy định của pháp luật.
Quy định này giúp các đơn vị chủ động trong việc triển khai thực hiện.b) Về trình tự thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế: Dẫn chiếu thực hiện theo trình tự kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế quy định tại Điều 39. Quy định này nhằm thống nhất quy trình áp dụng chung cho các trường hợp kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế (Trước đây, Điều 77 và Điều 110 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 quy định việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với hồ sơ hoàn thuế trước theo nguyên tắc rủi ro trong thời hạn 05 năm kể từ ngày quyết định hoàn thuế; còn Quyết định số 3394/QĐ-TCHQ ngày 31/12/2021 của Tổng cục Hải quan quy định trình tự này thực hiện theo quy trình kiểm tra sau thông quan).
c) Bổ sung quy định xử lý kết quả kiểm tra tại khoản 3 Điều 12.
2.8. Thông báo Danh mục hàng hóa miễn thuế dự kiến nhập khẩu đối với các trường hợp thông báo DMMT (Điều 13)
a) Nguyên tắc xây dựng DMMT: Kế thừa quy định tại khoản 2 Điều 30 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP và bổ sung cụm từ “nhà đầu tư” tại điểm a khoản 2 Điều 13 để phù hợp với quy định tại khoản 18 Điều 3 Luật Đầu tư số 143/2025/QH15 và Điều 37 Nghị định số 96/2026/NĐ-CP.
b) Về hồ sơ thông báo DMMT:
b.1) Tại điểm c khoản 3 Điều 13: Bỏ cụm từ “giấy tờ có giá trị tương đương”, bổ sung quy định đối với các dự án đầu tư không thuộc diện phải cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc chấp thuận chủ trương đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư (hoặc cho phép đầu tư theo pháp luật chuyên ngành) thì việc xác định dự án đầu tư mới sẽ căn cứ vào Báo cáo của nhà đầu tư gửi cơ quan đăng ký đầu tư theo quy định.
b.2) Tại điểm d khoản 3 Điều 13: Bỏ quy định về “Bản trích lục luận chứng kinh tế kỹ thuật hoặc tài liệu kỹ thuật hoặc bản thuyết minh dự án”, thay bằng “Báo cáo nghiên cứu khả thi hoặc Báo cáo kinh tế - kỹ thuật hoặc Đề xuất dự án đầu tư” để phù hợp với quy định của pháp luật về đầu tư hiện hành.
b.3) Sửa đổi Mẫu số 18 về Danh mục hàng hóa miễn thuế dự kiến xuất khẩu, nhập khẩu theo hướng bổ sung cụm từ “Ngày bắt đầu sản xuất/nghiên cứu” để chủ dự án hoặc tổ chức, cá nhân sử dụng hàng hóa miễn thuế thực hiện thông báo khi làm thủ tục (áp dụng đối với trường hợp miễn thuế 05 năm và trường hợp miễn thuế hàng hóa nhập khẩu để phát triển khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo, công nghiệp công nghệ số quy định tại Điều 1 Nghị định số 182/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung Điều 24 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP).
c) Quy định cụ thể việc sửa đổi, điều chỉnh Danh mục miễn thuế tại khoản 5 Điều 13 theo hướng:
- Quy định rõ các trường hợp được sửa đổi, điều chỉnh DMMT trên cơ sở kế thừa khoản 5 Điều 3 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP; đồng thời bổ sung trường hợp cơ quan hải quan nơi tiếp nhận DMMT phát hiện việc kê khai có sai sót thì thông báo để chủ dự án thực hiện điều chỉnh (kế thừa quy định tại điểm a.2 khoản 10 Điều 104 Thông tư số 38/2015/TT-BTC).
- Quy định rõ chủ dự án phải thông báo Danh mục miễn thuế sửa đổi trước thời điểm đăng ký tờ khai xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa để thống nhất cách hiểu. (Trước đây, Nghị định số 134/2016/NĐ-CP quy định “trước thời điểm nhập khẩu hàng hóa”, dẫn đến thực tế áp dụng có nhiều quan điểm khác nhau giữa ngày hàng đến cửa khẩu đầu tiên và ngày đăng ký tờ khai).
đ) Trách nhiệm của cơ quan hải quan (khoản 6 Điều 13):
- Bổ sung quy định về việc dừng sử dụng DMMT đối với các danh mục chưa nhập khẩu hết hàng hóa nhưng vẫn còn trong thời hạn nhập khẩu (Nghị định số 134/2016/NĐ-CP trước đây chỉ quy định thu hồi, thông báo điều chỉnh DMMT, dừng làm thủ tục miễn thuế hoặc thu hồi số tiền thuế đã miễn khi dự án chấm dứt/điều chỉnh hoạt động).
- Quy định rõ các trường hợp cơ quan hải quan dừng sử dụng DMMT (bao gồm 02 trường hợp hiện hành tại điểm a khoản 1 Điều 5 Quyết định số 3394/QĐ-TCHQ của Tổng cục Hải quan và bổ sung thêm trường hợp chủ dự án có văn bản thông báo không còn nhu cầu nhập khẩu hàng hóa theo DMMT), đi kèm trách nhiệm của cơ quan hải quan trong việc dừng thủ tục và xử lý tiền thuế đã miễn
- Bổ sung trách nhiệm của cơ quan hải quan đối với trường hợp chủ dự án đã nhập khẩu hết hàng hóa trên DMMT bản giấy (kế thừa quy định tại điểm b.4 khoản 2 Điều 105 Thông tư số 38/2015/TT-BTC).
e) Trách nhiệm của chủ dự án (khoản 7 Điều 13): Trên cơ sở kế thừa quy định tại khoản 7 Điều 30 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 18/2021/NĐ-CP), bổ sung trách nhiệm của chủ dự án trong việc kê khai, nộp thuế (nếu có) đối với hàng hóa xuất nhập khẩu đã bị cơ quan hải quan dừng sử dụng DMMT tương ứng với quy định tại điểm d khoản 6 Điều 13.
2.9. Hồ sơ, thủ tục miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa của tổ chức, cá nhân nước ngoài được hưởng quyền ưu đãi, miễn trừ - Điều 14
Kế thừa quy định về thủ tục, hồ sơ miễn thuế thuộc thẩm quyền của cơ quan hải quan tại Điều 5 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 18/2021/NĐ-CP.
2.10. Hồ sơ, thủ tục miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu đối với tài sản di chuyển (Điều 15)
Kế thừa quy định tại Điều 6 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 18/2021/NĐ-CP. Trong hồ sơ miễn thuế đối với thông tin cá nhân: Người nộp thuế chỉ cần cung cấp số định danh cá nhân để cơ quan hải quan tự khai thác trên Hệ thống cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư. Trường hợp không khai thác được thông tin thì mới yêu cầu người nộp thuế xuất trình giấy tờ liên quan để xác định nhân thân, nơi cư trú
2.11. Các Điều từ Điều 16 đến Điều 19, Điều 23, Điều 25 và Điều 26
Quy định về hồ sơ, thủ tục miễn thuế xuất nhập khẩu đối với: Quà biếu, quà tặng (Điều 16); Hàng hóa mua bán, trao đổi của cư dân biên giới (Điều 17); Hàng hóa xuất khẩu để gia công, sản phẩm gia công nhập khẩu (Điều 18); Hàng hóa tạm nhập tái xuất hoặc tạm xuất tái nhập trong thời hạn nhất định (Điều 19); Hàng hóa phục vụ hoạt động in, đúc tiền (Điều 23); Mặt hàng trầm hương sản xuất từ cây Dó bầu trồng và da trăn có nguồn gốc từ gây nuôi sinh sản (Điều 25); Sản phẩm nông sản (Điều 26
Kế thừa từ quy định tại Nghị định số 134/2016/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 18/2021/NĐ-CP).
2.12. Hồ sơ, thủ tục miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu phục vụ trực tiếp cho an ninh, quốc phòng (Điều 20)
a) Miễn thuế trước khi làm thủ tục hải quan:
a.1) Hồ sơ đề nghị miễn thuế: Bổ sung Giấy phép nhập khẩu hàng hóa của Bộ Công an, Bộ Quốc phòng hoặc đơn vị được Bộ Công an, Bộ Quốc phòng ủy quyền, phân cấp.
a.2) Thủ tục miễn thuế:
- Bỏ quy định về thời hạn nộp hồ sơ miễn thuế chậm nhất là 05 ngày làm việc trước khi đăng ký tờ khai hải quan để Bộ Công an, Bộ Quốc phòng hoặc các đơn vị được ủy quyền, phân cấp chủ động trong triển khai công tác.
- Quy định cụ thể thời hạn xử lý hồ sơ miễn thuế trước: 03 ngày kể từ ngày tiếp nhận đủ hồ sơ (trước đây Nghị định số 134/2016/NĐ-CP quy định 03 ngày kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ chung chung). Quy định này giúp cơ quan hải quan có căn cứ rõ ràng để giải quyết hồ sơ kịp thời, đúng pháp luật.
a.3) Sửa đổi quy định về việc điều chỉnh Thông báo miễn thuế (trước đây quy định tại khoản 58 Điều 1 Thông tư số 121/2025/TT-BTC) theo hướng: Đối với trường hợp điều chỉnh thời hạn nhập khẩu trên Giấy phép, Cục Hải quan không ban hành Thông báo điều chỉnh thời hạn riêng, cơ quan hải quan nơi doanh nghiệp đăng ký tờ khai sẽ thực hiện trực tiếp theo văn bản điều chỉnh thời hạn của Bộ Công an, Bộ Quốc phòng hoặc đơn vị được ủy quyền, phân cấp.
a.4) Bổ sung quy định việc tiếp nhận, xử lý hồ sơ miễn thuế của Cục Hải quan được thực hiện toàn bộ trên Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử; người nộp thuế không phải nộp bản giấy các chứng từ thuộc hồ sơ đề nghị miễn thuế.
2.13. Hồ sơ, thủ tục miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu để phát triển khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo, công nghiệp công nghệ số (Điều 21)
Dẫn chiếu thực hiện theo quy định tại Luật số 90/2025/QH15, Nghị định số 182/2025/NĐ-CP và quy định của Bộ Khoa học và Công nghệ.
2.14. Hồ sơ, thủ tục miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu để bảo vệ môi trường (Điều 22)
Kế thừa quy định tại Điều 25 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 18/2021/NĐ-CP.
Bỏ quy định về “giấy tờ có giá trị tương đương”; đồng thời bổ sung quy định về hồ sơ hải quan đối với các dự án đầu tư không thuộc diện phải cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc chấp thuận chủ trương đầu tư thì việc xác định dự án đầu tư mới sẽ căn cứ vào Báo cáo của nhà đầu tư gửi cơ quan đăng ký đầu tư trước khi thực hiện dự án (tương tự như quy định về hồ sơ thông báo DMMT tại Điều 13).
2.15. Hồ sơ, thủ tục miễn thuế xuất nhập khẩu đối với hàng hóa phục vụ đảm bảo an sinh xã hội, khắc phục hậu quả thiên tai, thảm họa, dịch bệnh và các trường hợp đặc biệt khác (Điều 24)
Kế thừa quy định tại khoản 3, khoản 4 Điều 28 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 18/2021/NĐ-CP, có điều chỉnh:
a) Bãi bỏ thành phần hồ sơ “Quyết định công bố dịch bệnh của cấp có thẩm quyền theo quy định của Luật Phòng, chống bệnh truyền nhiễm” đối với trường hợp nhập khẩu hàng hóa để khắc phục dịch bệnh.
b) Sửa đổi Mẫu số 25 tại Phụ lục I Thông tư này (Danh mục hàng hóa nhập khẩu trực tiếp phục vụ đảm bảo an sinh xã hội...) theo hướng bổ sung các trường thông tin về Văn bản công bố dịch bệnh (số văn bản, ngày ban hành, cơ quan ban hành) để cơ quan hải quan tự khai thác trên cơ sở dữ liệu điện tử, người nộp thuế không cần nộp văn bản giấy khi làm thủ tục.
2.16. Hồ sơ, thủ tục miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo điều ước quốc tế (Điều 27)
a) Quy định tổ chức, cá nhân thực hiện thông báo danh sách hàng hóa xuất nhập khẩu theo điều ước quốc tế trước khi thực hiện xuất khẩu, nhập khẩu (trước đây khoản 4 Điều 29a Nghị định số 134/2016/NĐ-CP quy định phải thực hiện thông báo DMMT).
b) Trình tự, thủ tục thông báo danh sách hàng hóa theo điều ước quốc tế được áp dụng tương tự như trình tự thông báo danh mục miễn thuế thông thường.
c) Mẫu công văn thông báo DMMT và mẫu DMMT dự kiến nhập khẩu được dùng chung cho cả trường hợp hàng hóa miễn thuế theo điều ước quốc tế.
2.17. Hồ sơ, thủ tục miễn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu khi làm thủ tục hải quan (Điều 28)
Kế thừa quy định tại Điều 31 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP được bổ sung tại Nghị định số 18/2021/NĐ-CP, sửa đổi cụ thể:
a) Đối với hồ sơ miễn thuế tại khoản 1 và khoản 2: Bỏ cụm từ “trong trường hợp tổ chức, cá nhân trúng thầu nhập khẩu hàng hóa” đối với thành phần hồ sơ là hợp đồng cung cấp hàng hóa theo văn bản trúng thầu/chỉ định thầu (trong đó ghi rõ giá cung cấp không bao gồm thuế nhập khẩu). Việc này nhằm xử lý vướng mắc thực tế khi có cách hiểu sai cho rằng quy định này chỉ áp dụng cho trúng thầu, còn chỉ định thầu thì không cần thể hiện giá không bao gồm thuế.
b) Từ khoản 3 đến khoản 6 Điều 28 quy định chi tiết về hồ sơ, thủ tục miễn thuế được phân loại theo các nhóm trường hợp sau:
- Nhóm (i): Hành lý của người xuất cảnh, nhập cảnh; hàng hóa có trị giá tối thiểu, hàng hóa gửi qua dịch vụ bưu chính, chuyển phát nhanh.
- Nhóm (ii): Hàng hóa nhập khẩu tạo tài sản cố định của đối tượng ưu đãi đầu tư; nguyên liệu, vật tư, linh kiện trong nước chưa sản xuất được nhập khẩu để sản xuất trong thời hạn 05 năm; hàng hóa phục vụ hoạt động dầu khí, đóng tàu; giống cây trồng, vật nuôi, phân bón, thuốc bảo vệ thực vật; nguyên liệu sản xuất trang thiết bị y tế.
- Nhóm (iii): Hàng hóa nhập khẩu để gia công, sản phẩm gia công xuất khẩu; hàng hóa nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu; hàng hóa phục vụ giáo dục; hàng hóa sản xuất, tái chế tại khu phi thuế quan; hàng hóa nhập khẩu phi thương mại.
- Nhóm (iv): Hàng hóa nhập khẩu sử dụng để gia công hoặc sản xuất sản phẩm xuất khẩu tại chỗ được miễn thuế nhập khẩu khi làm thủ tục xuất khẩu tại chỗ.
(Các nội dung trên kế thừa từ Nghị định số 134/2016/NĐ-CP đã sửa đổi tại Nghị định số 18/2021/NĐ-CP).
c) Thủ tục miễn thuế đối với các trường hợp đặc thù (khoản 9 Điều 28): Kế thừa khoản 5 Điều 31 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, có bổ sung quy định:
c.1) Bổ sung thời hạn để tổ chức, cá nhân nhận chuyển nhượng thực hiện đăng ký tờ khai hải quan mới đối với trường hợp dự án ưu đãi đầu tư chuyển nhượng: “Chậm nhất là 60 ngày kể từ ngày được cấp Giấy chứng nhận đầu tư điều chỉnh/Quyết định chấp thuận điều chỉnh chủ trương đầu tư, hoặc chậm nhất là 60 ngày kể từ ngày ký hợp đồng/văn bản thỏa thuận chuyển nhượng đối với dự án không thuộc diện phải cấp Giấy chứng nhận”. (Trước đây quy định cũ không nêu rõ thời hạn dẫn đến vướng mắc khi thực hiện).
c.2) Điều khoản chuyển tiếp (khoản 3 Điều 44): Trường hợp tổ chức, cá nhân nhận chuyển nhượng dự án trước ngày Thông tư này có hiệu lực nhưng chưa đăng ký tờ khai hải quan mới thì phải hoàn thành trước ngày 31/12/2026. Quá thời hạn này nếu không thực hiện sẽ bị xử phạt theo quy định
2.18. Thông báo, kiểm tra việc sử dụng hàng hóa miễn thuế (Điều 29)
Kế thừa Điều 31a Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, sửa đổi bổ sung như sau:
a) Về thời hạn, thời điểm thông báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế (điểm b khoản 1 Điều 29):
a.1) Tổ chức, cá nhân thực hiện thông báo tình hình sử dụng định kỳ hàng năm trong thời hạn 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính, kéo dài cho đến khi nhập khẩu hết hàng hóa theo DMMT hoặc khi DMMT hết hiệu lực.
a.2) Trường hợp đã kết thúc nhập khẩu hoặc DMMT hết hiệu lực: Định kỳ 03 năm một lần tính từ năm kết thúc, tổ chức, cá nhân phải thông báo tình hình sử dụng hàng hóa cho cơ quan hải quan nơi tiếp nhận DMMT (thời hạn 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính) cho đến khi dự án chấm dứt hoạt động, hoặc toàn bộ hàng hóa đã được tái xuất, thay đổi mục đích sử dụng, chuyển tiêu thụ nội địa, tiêu hủy. Nếu có dấu hiệu nghi vấn, cơ quan hải quan có quyền yêu cầu thông báo đột xuất.
- Trường hợp thay đổi mục đích, chuyển tiêu thụ nội địa hoặc tiêu hủy, người nộp thuế phải đăng ký tờ khai hải quan mới theo Điều 25 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP.
- Bổ sung quy định về trách nhiệm thông báo của tổ chức, cá nhân nhận chuyển nhượng toàn bộ hoặc một phần dự án ưu đãi đầu tư (áp dụng khi hàng hóa tại thời điểm chuyển nhượng vẫn thuộc đối tượng ưu đãi và tiếp tục được miễn thuế).
b) Kiểm tra việc sử dụng hàng hóa miễn thuế (khoản 4 Điều 29):
b.1) Quy định việc kiểm tra tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế được thực hiện theo trình tự, thủ tục kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế quy định tại Điều 39 (trước đây quy định theo trình tự kiểm tra sau thông quan).
b.2) Bổ sung khoản 5 Điều 29 dự thảo quy định về xử lý kết quả kiểm tra.
2.19. Hồ sơ, thủ tục giảm thuế (Điều 30)
Kế thừa quy định tại khoản 1 Điều 15 Thông tư số 06/2021/TT-BTC và Điều 32 Nghị định số 134/2016/NĐ-CP, sửa đổi các nội dung:
a) Sửa đổi thành phần hồ sơ giảm thuế: Chấp nhận “Biên bản xác nhận vụ cháy của cơ quan công an có thẩm quyền” (thay vì quy định cứng là cơ quan cảnh sát phòng cháy chữa cháy như trước đây, do thực tế còn có các đơn vị công an khác có chức năng xác nhận này).
b) Bổ sung quy định về trách nhiệm tiếp nhận, phản hồi thông tin hồ sơ giảm thuế theo nội dung giao tại Luật Quản lý thuế (khoản 2).
c) Sửa đổi quy định đối với trường hợp cần kiểm tra thực tế hàng hóa đã qua khu vực giám sát hải quan để làm căn cứ giảm thuế: Tiến hành ban hành quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế (thay vì ban hành quyết định kiểm tra sau thông quan), trình tự áp dụng theo Điều 39 Thông tư này.
d) Bổ sung quy định mới về việc thu hồi số tiền thuế đã giảm không đúng quy định bằng hình thức ban hành quyết định ấn định thuế theo thẩm quyền được giao tại Luật Quản lý thuế.
đ) Bổ sung quy định xử lý hồ sơ qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử (khoản 4).
2.20. Không thu thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu (Điều 31)
a) Bổ sung quy định về phân loại hồ sơ không thu thuế tương tự như phân loại hồ sơ hoàn thuế (khoản 5 Điều 31).
b) Sửa đổi cụm từ quy định về địa điểm: Thay “không cùng cửa khẩu với hàng hóa khi xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu” thành “không cùng một địa điểm làm thủ tục hải quan với hàng hóa khi xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu” tại điểm b.2.1; và thay “cùng cửa khẩu...” thành “làm thủ tục hải quan tại cùng một địa điểm với hàng hóa khi xuất khẩu, nhập khẩu lần đầu” tại điểm b.2.2 khoản 6 Điều 31 để đảm bảo tính chính xác theo thực tế thủ tục.
2.21. Hồ sơ không chịu thuế (Điều 32)
Kế thừa khoản 3 Điều 16 Thông tư số 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi tại khoản 4 Điều 1 Thông tư số 121/2025/TT-BTC); đồng thời sửa đổi, bổ sung quy định về hồ sơ không chịu thuế đối với hàng hóa nhập khẩu là hàng viện trợ, hàng hóa của tổ chức, cá nhân Việt Nam nhập khẩu/xuất khẩu để thực hiện dự án viện trợ không hoàn lại của Việt Nam cho nước ngoài.
2.22. Thủ tục, hồ sơ khoanh tiền thuế nợ (Điều 34)
Căn cứ khoản 6 Điều 20 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 giao Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định thủ tục, hồ sơ khoanh tiền thuế nợ, trên cơ sở kế thừa Điều 23 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP, Điều 34 của Thông tư này quy định cụ thể về hồ sơ, trình tự thủ tục khoanh nợ tiền thuế.
Bổ sung quy định về trình tự, thủ tục chấm dứt hiệu lực của quyết định khoanh tiền nợ thuế, quyết định điều chỉnh số tiền thuế nợ được khoanh theo thẩm quyền giao tại khoản 7 Điều 34 Nghị định số 152/2026/NĐ-CP, cụ thể tại khoản 4 Điều 34 bao gồm:
- Quy định cụ thể hồ sơ đối với từng trường hợp trong số 06 trường hợp chấm dứt hiệu lực quyết định khoanh tiền nợ thuế quy định tại khoản 6 Điều 34 Nghị định số 152/2026/NĐ-CP bao gồm:
(i) Người nộp thuế tiếp tục hoạt động sản xuất, kinh doanh;
(ii) Cá nhân, hộ kinh doanh, doanh nghiệp tư nhân, công ty TNHH một thành viên bị phát hiện thành lập cơ sở sản xuất, kinh doanh hoặc doanh nghiệp khác;
(iii) Tòa án hủy quyết định tuyên bố một người đã chết, mất tích hoặc mất năng lực hành vi dân sự trước đó;
(iv) Người nộp thuế đã đủ điều kiện để được xóa nợ thuế theo Điều 21 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15;
(v) Tòa án quyết định không mở hoặc đình chỉ thủ tục phá sản, công nhận phương án phục hồi hoạt động kinh doanh theo Luật Phục hồi, phá sản số 142/2025/QH15;
(vi) Người nộp thuế đã hoàn thành toàn bộ nghĩa vụ nộp thuế.
- Bổ sung mẫu quyết định chấm dứt hiệu lực của quyết định khoanh tiền thuế nợ tại Mẫu số 42 Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này.
2.23. Hồ sơ, trình tự, thủ tục xóa nợ (Điều 35)
a) Hồ sơ xóa nợ: Kế thừa quy định tại khoản 1 Điều 16 Thông tư số 06/2021/TT-BTC, bổ sung quy định hồ sơ đối với trường hợp quy định tại điểm d khoản 1 Điều 21 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và khoản 2 Điều 35 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP.
b) Quy định rõ ràng trình tự, thủ tục xóa nợ phân theo thẩm quyền của từng nhóm đối tượng thực hiện (Chi cục Hải quan khu vực, Chi cục Điều tra chống buôn lậu, Chi cục Kiểm tra sau thông quan, Cục Hải quan, Bộ Tài chính).
c) Bổ sung quy định về trình tự, thủ tục, hồ sơ phục hồi tiền thuế nợ đã xóa đối với trường hợp quy định tại khoản 2 Điều 21 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15.
- Bổ sung mẫu Quyết định phục hồi tiền thuế nợ đã xóa theo Mẫu số 46 tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này.
2.24. Nộp dần nợ thuế (Điều 36)
Căn cứ điểm b khoản 2 Điều 65 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP giao Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định số lần nộp dần và hồ sơ, thủ tục về nộp dần tiền thuế nợ. Kế thừa quy định tại Điều 134 Thông tư số 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi tại khoản 67 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC).
Mức tiền và thời gian được nộp dần tiền thuế nợ quy định tại khoản 2 Điều 36 như sau:
“2. Người nộp thuế được đăng ký và cam kết nộp dần tiền thuế nợ theo các mức sau:
a) Tiền thuế nợ từ 500.000.000 đồng đến dưới 1.000.000.000 đồng, thời gian nộp dần tiền thuế tối đa không quá 03 tháng;
b) Tiền thuế nợ từ 1.000.000.000 đồng đến dưới 2.000.000.000 đồng, thời gian nộp dần tiền thuế tối đa không quá 06 tháng;
c) Tiền thuế nợ từ 2.000.000.000 đồng trở lên, thời gian nộp dần tiền thuế tối đa không quá 12 tháng.
Thời hạn quy định tại các điểm a, điểm b và điểm c khoản này được tính từ ngày cơ quan có thẩm quyền ban hành văn bản chấp thuận nộp dần tiền thuế nợ và trong thời hạn thư bảo lãnh có hiệu lực;”
2.25. Bổ sung quy định về kiểm tra thuế (Điều 37, 38, 39, 40)
Quy định rõ trách nhiệm của người nộp thuế; trách nhiệm của cơ quan hải quan; thẩm quyền kiểm tra thuế tại cơ quan hải quan, thẩm quyền kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế; trình tự, thủ tục kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế nhằm bảo đảm việc kiểm tra đúng thẩm quyền, đúng phạm vi, đối tượng và thống nhất áp dụng một quy trình kiểm tra thuế chung, cụ thể:
a) Các trường hợp kiểm tra thuế, thẩm quyền kiểm tra thuế (Điều 37)
Thẩm quyền kiểm tra thuế bao gồm: Cục trưởng Cục Hải quan, Chi cục trưởng Chi cục Hải quan khu vực, Đội trưởng Đội Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu, Đội trưởng Đội Thông quan, Đội trưởng Đội Phúc tập và Kiểm tra sau thông quan và Thủ trưởng cơ quan hải quan khác được giao thực hiện chức năng kiểm tra thuế.
b) Kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan hải quan (Điều 38)
c) Kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế (Điều 39)
Trên cơ sở thực tiễn của ngành Hải quan, quy định hiện hành của pháp luật hải quan về trình tự, thủ tục kiểm tra sau thông quan; quy định trình tự, thủ tục kiểm tra chuyên ngành tại Nghị định số 217/2025/NĐ-CP về hoạt động kiểm tra chuyên ngành; kế thừa quy định pháp luật quản lý thuế về trình tự, thủ tục kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế tại Thông tư số 06/2021/TT-BTC, trình tự thủ tục kiểm tra thuế bao gồm:
(i) Lập, phê duyệt và điều chỉnh kế hoạch kiểm tra hằng năm;
(ii) Ban hành quyết định kiểm tra, lập kế hoạch tiến hành kiểm tra;
(iii) Bãi bỏ, điều chỉnh quyết định kiểm tra (nếu có);
(iv) Thời hạn kiểm tra;
(v) Tạm dừng kiểm tra;
(vi) Xử lý trong trường hợp đối tượng kiểm tra không chấp hành quyết định kiểm tra;
(vii) Tiến hành kiểm tra (công bố quyết định kiểm tra, thực hiện kiểm tra, lập biên bản kiểm tra);
(viii) Xử lý kết quả kiểm tra.
d) Kiểm tra lại trong hoạt động kiểm tra thuế (Điều 40)
Đây là nội dung mới, chưa được quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về quản lý thuế trước đây; được áp dụng khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế của người nộp thuế thuộc phạm vi quyết định kiểm tra thuế nhưng chưa được kiểm tra, phát hiện, chưa được kết luận hoặc đã kết luận nhưng chưa đầy đủ, chính xác.
- Thẩm quyền kiểm tra lại thực hiện theo quy định tại điểm b khoản 6 Điều 22 Luật số 108/2025/QH15 và được xác định như sau:
+ Cục trưởng Cục Hải quan quyết định kiểm tra lại vụ việc đã được kiểm tra thuế theo Quyết định của Chi cục trưởng Chi cục Hải quan khu vực, Chi cục trưởng Chi cục Kiểm tra sau thông quan, Thủ trưởng cơ quan hải quan được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế trực thuộc Cục;
+ Chi cục trưởng Chi cục Hải quan khu vực quyết định kiểm tra lại vụ việc đã được kiểm tra thuế theo Quyết định của Đội trưởng Đội Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu, Đội trưởng Đội Thông quan, Thủ trưởng cơ quan hải quan thuộc Chi cục Hải quan khu vực được giao nhiệm vụ kiểm tra thuế;
+ Thủ trưởng cơ quan hải quan khác được giao nhiệm vụ kiểm tra lại theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
2.26. Bãi bỏ hiệu lực quy định (khoản 3 Điều 43)
a) Bãi bỏ Điều 104, Điều 105, Điều 131, Điều 132, Điều 134, Điều 135, Điều 140 Thông tư số 38/2015/TT-BTC;
b) Bãi bỏ khoản 64, khoản 65, khoản 67, khoản 68, khoản 71 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC;
c) Bãi bỏ khoản 58, khoản 60, khoản 61 Điều 1 Thông tư số 121/2025/TT-BTC.
d) Đối với các nội dung kế thừa quy định tại Nghị định số 134/2016/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 18/2021/NĐ-CP và Nghị định số 182/2025/NĐ-CP), bãi bỏ các quy định cụ thể sau đây tại Nghị định số 134/2016/NĐ-CP ngày 01/9/2016: Khoản 6, 7, điểm a, điểm b khoản 8 Điều 5; khoản 4, 5 Điều 6; khoản 3, 4 Điều 7; khoản 3, 4 Điều 8; khoản 3, 4 Điều 9; khoản 5 Điều 10; khoản 3 Điều 11; khoản 3 Điều 12; khoản 4 Điều 13; khoản 5 Điều 14; khoản 4 Điều 15; khoản 4 Điều 16; khoản 4 Điều 17; khoản 4 Điều 18; khoản 3, 4 Điều 20; khoản 4 Điều 21; khoản 3 Điều 22; khoản 4 Điều 23; khoản 5, 6 Điều 24; khoản 4 Điều 25; khoản 3, 4 Điều 26; khoản 3 Điều 27; khoản 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 Điều 28; khoản 4, 5 Điều 29; khoản 3, 4, 5 Điều 29a; Điều 30; Điều 31; Điều 31a; khoản 2, 3 Điều 32; khoản 2, 3 Điều 33; khoản 2, 3 Điều 34; khoản 2, 3 Điều 35; khoản 5, 6 Điều 36; khoản 3, 4 Điều 37, Điều 37a (các điều khoản này đã được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 2, 4, 6, 9, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, điểm a, c, d, đ khoản 20 Điều 1 Nghị định số 18/2021/NĐ-CP ngày 11/3/2021 và được sửa đổi, bổ sung bởi Điều 1 Nghị định số 182/2025/NĐ-CP ngày 01/7/2025 của Chính phủ).
Lưu ý: Căn cứ quy định tại khoản 6 Điều 19 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 giao Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế, không chịu thuế; trách nhiệm tiếp nhận, giải quyết, phản hồi thông tin hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế, trình tự, thủ tục giải quyết miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế… Từ ngày 01/7/2026, các nội dung này sẽ thực hiện thống nhất theo quy định tại Thông tư số 86/2026/TT-BTC.
2.27. Điều khoản chuyển tiếp (Điều 44)
a) Đối với các hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế, không chịu thuế, xử lý tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, gia hạn nộp thuế, miễn tiền chậm nộp, nộp dần tiền thuế nợ, xác nhận hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế, khoanh tiền thuế nợ, xóa tiền thuế nợ mà người nộp thuế đã nộp trước ngày Thông tư này có hiệu lực thì tiếp tục thực hiện theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực tại thời điểm nộp hồ sơ.
b) Đối với hoạt động kiểm tra thuế: Trường hợp vụ việc đã có kế hoạch kiểm tra nhưng chưa tiến hành thì thực hiện kiểm tra theo quy định tại Thông tư này. Trường hợp đang trong quá trình thực hiện kiểm tra thì tiếp tục thực hiện theo quy định tại văn bản quy phạm pháp luật có hiệu lực tại thời điểm ban hành quyết định kiểm tra.
c) Trường hợp tổ chức, cá nhân nhận chuyển nhượng dự án trước ngày Thông tư này có hiệu lực nhưng chưa thực hiện đăng ký tờ khai hải quan mới theo quy định tại điểm d khoản 9 Điều 28 Thông tư này thì phải hoàn thành việc đăng ký tờ khai hải quan mới trước ngày 31/12/2026.
Quá thời hạn quy định tại khoản này, nếu tổ chức, cá nhân nhận chuyển nhượng không thực hiện đăng ký tờ khai hải quan mới thì cơ quan hải quan sẽ tiến hành xử phạt theo quy định của pháp luật.
d) Trường hợp dự án đã kết thúc nhập khẩu hàng hóa theo Danh mục miễn thuế hoặc Danh mục miễn thuế hết hiệu lực, tổ chức, cá nhân thực hiện thông báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế cho cơ quan hải quan nơi tiếp nhận Danh mục miễn thuế theo quy định tại điểm b.2 khoản 1 Điều 29 Thông tư này; thời điểm thực hiện thông báo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế cho cơ quan hải quan được tính từ năm tài chính Thông tư này có hiệu lực.
